工作場所&meeting
開始製作專題後,老師提供了1509b實驗室的空間,實驗室是一個比較安靜的空間,設備也很齊全,可以在裡面工作一整天。平時因為上課時間集中,而且是個人專題,所以比較常在家完成工作,不過有課程的日子就會使用老師提供的實驗室,讓我能在空堂把握時間做一些進度。
除此之外,老師提供了電腦讓我執行程式,平時我可以透過遠端連線的方式操作電腦,專題工作都在此部電腦上執行,需要的檔案和資源也放在這部電腦中。因為使用遠端連線的方式,平時我能用老師的機器執行程式,而自己的電腦可以做其他的進度,工作上十分方便。
除了平時的工作進度外,meeting也是工作中重要的一環。我和另一位同學會一起在每週三下午和老師meeting,地點是有投影幕的1616研討室。Meeting前先把當週的進度上傳至雲端,老師會先瀏覽過,然後meeting 就採報告的方式,讓大家能為目前的進度給建議或修改方向。meeting後需要整理會議記錄,這份紀錄可以幫助自己理解下一周的目標,也是未來回顧進度的參考資料。
我覺得這樣的工作環境和氛圍,是很有條理並且高度自由的,很高興能在這個團隊中學習。
工作內容介紹
這個專題主題是利用腦部磁振造影(MRI)影像去建立模型,想利用此模型來判斷病人是否罹患高血壓、糖尿病、憂鬱症以及是否需洗腎。專題會使用深度學習的方法去辨認每一位患者的腦部影像,透過特徵擷取和權重調整等來分類有罹患疾病或正常的影像。因為腦部影像透過磁振造影取得,會是三維的影像檔案,醫師在分析上會比較耗時,所以此專題的目的希望能輔助醫師的判斷。
這次專題最終目標是撰寫一個方便醫療人員使用的系統,操作者需要匯入影像,而程式最終會回報是否患病。完成建置環境之後,一開始先將病患的資料用來訓練模型,看看最初尚未調整過的模型效果如何。因為發現訓練完的模型判斷上準確度並不理想,所以接下來的時間嘗試調整參數和統一圖片格式等方法,希望提升精準度。
這學期的工作主要為撰寫程式,我會透過不斷修正模型的內容,讓成果接近預期效果。在工作期間要進行多次實驗,去慢慢理解應該如何改善模型的精準度和穩定度。
學習資源與開發環境
專題中的分類模型來自於monai。monai是一個開源的醫療框架,有許多預先訓練過的模型,能加速訓練,也能夠更有效率處理斷層掃描的圖片,較傳統的做法更容易尋找病灶。其網站介紹了安裝方式和模型教學,有很充足的學習方向和詳細的範例,這個專題中大量使用到monai網站的資源。